La contaminación de las aguas por la constante incorporación de nutrientes en el cultivo de salmones y choritos, junto con el elevado uso de antibióticos, ha originado serias perturbaciones en todo el ecosistema marítimo. Sin embargo, la economía del archipiélago de Chiloé depende en gran parte de esta actividad pesquera.

Las aguas cada día más contaminadas han desplazado a los peces nativos y la pesca tradicional se ve afectada día a día.